臺南市醫療機構列表，係根據行政院衛生署依各醫療機構規模、功能、服務範圍及醫療品質所做的醫院評鑑、教學醫院評鑑及督導考核，共分為三個等級。臺南市的特優醫院有3所、優等醫院有7所、合格醫院有19所，本列表係列出屬於合格醫院以上等級之醫療院所。
| 醫院名稱
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地區 |
現任院長 |
醫師數目 |
員工數目 |
總病床數 |
創院時間 |
面積（公頃）
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| 國立成功大學醫學院附設醫院
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北區 |
林炳文 |
532名 |
2,648名 |
1193床 |
1988年 |
7.4公頃
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| 奇美醫療財團法人柳營奇美醫院
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柳營區 |
黃順賢 |
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876床 |
2004年 |
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| 台南市立醫院
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東區 |
蔡良敏 |
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1,170名 |
637床 |
1988年 |
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| 醫院名稱
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地區 |
現任院長 |
總病床數 |
創院時間 |
面積（公頃）
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| 衛生福利部臺南醫院
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西區 |
李伯璋 |
663床 |
1896年 |
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| 臺灣基督長老教會台南新樓醫院
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東區 |
劉啓擧 |
466床 |
1865年 |
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| 臺灣基督長老教會麻豆新樓醫院
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麻豆區 |
劉啓擧 |
379床 |
1997年 |
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| 郭綜合醫院
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中西區 |
郭宗正 |
367床 |
1958年 |
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| 奇美醫療財團法人佳里奇美醫院（原佳里醫療社團法人佳里醫院）
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佳里區 |
周偉倪 |
333床 |
1994年 |
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奇美醫療財團法人奇美醫院
及樹林院區
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南區 |
邱仲慶 |
1284床 |
1990年 |
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| 衛生福利部胸腔病院及其門診部
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仁德區 |
李伯璋 |
102床 |
1915年 |
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| 臺南市立安南醫院-委託中國醫藥大學興建經營
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安南區 |
林聖哲 |
956床 |
2013年 |
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| 醫院名稱
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地區 |
現任院長 |
創院時間 |
面積（公頃）
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| 衛生福利部新營醫院
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新營區 |
蔡明世 |
1948年 |
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| 衛生福利部新營醫院北門分院
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北門區 |
謝文淮 |
1978年 |
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| 衛生福利部台南醫院新化分院
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新化區 |
李伯璋 |
2001年 |
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| 高雄榮民總醫院台南分院
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永康區 |
鄭錦翔 |
1957年 |
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| 營新醫院
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新營區 |
鄭群亮 |
2000年 |
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| 志誠醫院（原陳志誠耳鼻喉科醫院）
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北區 |
陳志誠 |
1993年 |
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| 新興醫療社團法人新興醫院
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新營區 |
林金德 |
1973年 |
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| 仁愛醫療社團法人仁愛醫院
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東區 |
許重慶 |
1986年 |
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| 永和醫院
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中西區 |
楊永和 |
1985年 |
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| 洪外科醫院
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中西區 |
洪正義 |
1990年 |
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| 信一骨科醫院
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新營區 |
王志堅 |
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| 宏科醫院
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善化區 |
謝志宏 |
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| 永達醫療社團法人永達醫院
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永康區 |
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| 開元寺慈愛醫院
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北區 |
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| 永川醫院
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中西區 |
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| 仁村醫院
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中西區 |
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| 佑昇醫院
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白河區 |
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| 新生醫院
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佳里區 |
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| 醫院名稱
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地區 |
現任院長 |
創院時間 |
面積（公頃）
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| 晉生醫療社團法人晉生慢性醫院
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永康區 |
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